تدخّل أيمن الظواهري زعيم تنظيم القاعدة وخليفة أسامة بن لادن في الخلاف بين جناحي التنظيم في العراق وسورية وطلب منهما وقف الجدال. ووفقا لرسالة نسبت للظواهري نشرها موقع "الجزيرة" على الانترنت ألغى زعيم القاعدة الاندماج الذي أعلن عنه أبو بكر البغدادي وقال "تلغى دولة العراق والشام الإسلامية ويستمر العمل باسم دولة العراق الإسلامية. ان جبهة النصرة لأهل الشام فرع مستقل لجماعة قاعدة الجهاد يتبع القيادة العامة." وأضاف أن البغدادي وزعيم جبهة النصرة أبو محمد الجولاني سيستمران في قيادة الجناحين لمدة عام إلى أن تبت القيادة العامة في الأمر. وكان تنظيم "القاعدة" في العراق قد أعلن في تسجيل على شبكة الإنترنت أن "جبهة النصرة" امتداد له وجزء منه، وأعلن بعدها أبو محمد الجولاني المسؤول العام لـ"جبهة النصرة" في سورية، في أبريل/نيسان، أعلن مبايعة الجبهة لزعيم تنظيم "القاعدة" أيمن الظواهري، نافيا علمه بإعلان توحيد الجبهة مع "دولة العراق الإسلامية".